基建处设置三个科级机构：综合科、规划建设科及工程管理科。

综合科：综合办事科室，围绕处中心工作发挥综合协调、督促落实工作等作用。

规划建设科：负责学校校园规划编制及修编工作；负责对可行性研究报告中建筑方案进行审查；负责学校各类建设项目的立项、报批、勘察、设计、前期手续办理等工作，包括招标、勘察设计过程管理、施工过程配合等。

工程管理科：代表学校对建设工程项目在施工期间的质量、造价、进度、变更等施工技术工作进行全面、有效的管理；督促施工单位安全、文明施工；确保建设项目以优良的工程质量、合理的工程造价按合同工期竣工并交付。